Por lo general se debe realizar al menos una fistulografía para evaluar el final del trayecto fistuloso a fin de llegar con mejor diagnóstico a la cirugía y saber el grado de complejidad de la misma.
Las fístulas preauriculares (que en realidad no son verdaderas fístulas branquiales) pueden no tratarse si no producen molestias.
Los casos que presentan infecciones reiterados tienen indicacion quirurgica indefectiblemente.