Cuando el recien nacido presenta atresia de coanasa de ambas fosas nasales es una emergencia que debe ser tratada de inmediato para permitir la respiración del niño. Luego de la estabilización se programa la cirugía.
Cuando la atresia de coana es de un solo lado puede no detectarse hasta pasados varios años. En este caso también se programa la cirugía sin demasiada urgencia.
Si tolera correctamente el chupete fenestrado puede dilatarse la cirugía pero se ebe realizar en la brevedad posible.